La Auditoría Superior de la Federación (ASF) ha interpuesto una denuncia ante la Fiscalía General de la República (FGR) en contra de María Elena Álvarez-Buylla por presuntos malos manejos de recursos públicos cuando fue directora general del entonces Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías (Conacyt), entre 2018 y 2024. En la denuncia, que corresponde al ejercicio de la cuenta pública de 2021, la auditoría analizó, entre otras cosas, la extinción de cuatro fondos institucionales y en ese proceso detectó malos manejos que dejaron un probable daño al erario superior a los 57 millones de pesos (más de tres millones de dólares).
